Pappila on ollut nykyisellä paikallaan 1600-luvun alkuvuosista. Isonvihan jälkeen pappilan umpipihan rakennukset olivat heikossa kunnossa ja päärakennus määrättiinkin 1751 purettavaksi. 1752 valmistunut uusi pappila paloi 1700-luvun lopulla ja jälleenrakentaminen aiheutti paljon riitelyä. Vuonna 1802 valmistuneessa Jokelan pappilassa oli alun perin salin lisäksi seitsemän kamaria, keittiö, eteinen ja kaksi vinttikamaria. Pappilan alkuperäinen muoto säilytettiin vuoden 1961 suuressa korjauksessa.

Pappilassa syttyi tulipalo toisena pääsiäispäivänä 2011 ja se jouduttiin sisätiloiltaan perusteellisesti uudisrakentamaan. Siinä yhteydessä pappilasta tehtiin seurakunnan nykyaikainen toimistotalo säilyttäen kuitenkin pappilan alkuperäinen henki ja historialliset vaiheet. Uudistuneen pappilan tilat otettiin käyttöön juhannuksen jälkeen 2012.

Pappilan pihapiirissä sijaitsevassa Malmbergin tuvassa toimii nykyään kesäisin lähetyskahvila. Aikanaan Pohjanmaan herätysliikkeen keskeisin hahmo, Niilo Kustaa Malmberg asui hänen mukaansa nimetyssä tuvassa 1830-33. Malmbergin tupa on toiminut aiemmin myös mm. Mannerheimin lastensuojeluliiton äitiys- ja lastenneuvolana.